 Las contrucciones más antiguas se construyeron 300 años A.C. . Los habitantes Mayas antiguos han utilizado Cozumel como centro de comercio, y muy importante, como sitio ceremonial. Los mayas creyeron que Cozumel es la casa de su diosa Ixchel. Mujeres de todos partes de la Península de Yucatán y más allá viajaron a la Isla para pagar tributo a su diosa de fertilidad y amor.
La llegada de los españoles en 1528 fue destructiva para la población indígena. Hernán Cortés destruyó uno de los templos y convirtió la población de la isla a cristianos. La introducción de “viruela” por los conquistadores Españoles redujo la población de 8000 Mayas a la mitad. Los que sobrevivieron murieron en ataques genocidicos por parte de los Españoles alrededor de 1540.
 Cozumel sirvió como refugio para piratas famosos como Jean Lafitte y Henry Morgan. Hasta 1848, se reestableció la población de indígenas y gracias al chicle, Cozumel creció por su importancia como puerto de exportación del chicle. Luego, el establecimiento y mantenimiento de una base militar de EEUU durante la segunda guerra mundial empujó adicionalmente la economía de la isla.
 Después la salida de la base militar, Cozumel sufrió otra caída económica que no se recuperó hasta la producción y publicación de los documentales por Jacques Cousteau acerca de los arrecifes, la vida marina y las atracciones de buceo en el año 1961. Desde este momento, Cozumel empezó su crecimiento fuerte hacia un destino conocido mundialmente para el turismo hasta el día de hoy.
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